Après l'effondrement du plan Destiny proposé par Durandal, qui aurait décidé du sort des individus en fonction de leur génétique, Cagalli, la présidente de l'Union d'Orb, a œuvré à l'instauration d'un nouvel ordre pacifique en créant une agence mondiale de surveillance de la paix appelée COMPS.

CE 74. La grande guerre est terminée, mais Shinn n'a pas encore décidé de la voie qu'il doit suivre. C'est alors qu'un Mobile Suit ayant traversé de nombreux champs de bataille par le passé est transféré de ZAFT vers la base temporaire de COMPS sur l'île d'Onogoro. Cette nuit-là, cependant, le Strike Freedom Gundam est volé par des inconnus.

Pour empêcher l'escalade de la situation, récupérer l'appareil volé et au nom de tout ce qu'ils doivent protéger, Shinn et ses camarades se jettent une fois de plus dans la bataille...