Nous sommes en U.C. 0105, douze ans après la rébellion de Char. Le mouvement "Mafty" s’oppose au règne tyrannique du gouvernement de la Fédération en assassinant ses hauts responsables. Son chef n’est autre que Hathaway Noa, fils de Bright Noa, qui a combattu aux côtés d’Amuro Ray pendant la guerre d’Un An.

Hathaway, hanté par ses traumatismes passés, est troublé par Gigi Andalucia, une jeune fille aux pouvoirs mystérieux. Malgré ses paroles énigmatiques, il poursuit les préparatifs de l’attaque de la conférence d’Adélaïde.

Pendant ce temps, Kenneth Sleg des forces fédérales prépare une opération de défense et l’élimination de Mafty, lorsqu’il reçoit une proposition secrète de Handley Yoxon de l’organisation de police criminelle.

Alors que Hathaway et Kenneth poursuivent leurs objectifs respectifs, Gigi part elle aussi pour Hong Kong afin d’accomplir son propre rôle.

Douze ans se sont écoulés depuis la seconde guerre de Néo-Zéon (la contre-attaque de Char).

U.C. 0105 .

La corruption au sein du gouvernement de la Fédération Terrestre a accéléré la pollution de la Terre, conduisant à des "chasses à l’homme" inhumaines ー une politique d’exil forcé des civils dans l’espace.

En réponse, le mouvement anti-Fédération "Mafty" a lancé une campagne de résistance, assassinant des hauts responsables gouvernementaux. Ce mouvement est dirigé par un homme connu sous le nom de "Mafty Navue Erin", dont la véritable identité est Hathaway Noa, fils du célèbre colonel Bright Noa, vétéran de la guerre d’Un An.

Héritier des philosophies, des idéaux et de la volonté d’Amuro Ray et de Char Aznable, Hathaway lutte pour tracer sa propre voie. Cependant, son destin est irrémédiablement modifié par ses rencontres avec le colonel Kenneth Sleg des Forces de la Fédération et l’énigmatique beauté, Gigi Andalusia.